Se la battaglia per la Terra è appena terminata, quella dell'universo sta per cominciare. Cosa accadrà? Gli Autobots superstiti decidono di restare sulla Terra come guardiani dell'umanità, fondando una piccola base Autobots. Starscream è ancora vivo e, dopo essere tornato a Cybertron, si mette a capo dei Decepticons, e decide di tornare sulla Terra con i rinforzi, alla ricerca di un alleato che li potrà portare verso una nuova vittoria sicura contro gli Autobots. Questi ultimi scoprono che il corpo morto di Megatron è stato rubato dai militari americani… cosa ne avranno fatto?